Tempoh pendudukan Jepun merupakan suatu titik hitam dalam sejarah Sulawesi Selatan. Walaupun tidak banyak perubahan dalam sistem pemerintahan, tetapi pendudukan telah mencetuskan suatu perubahan dalam minda Indonesia dan Asia umumnya. Orang Eropah yang dilihat berkuasa pada mulanya senang disingkirkan oleh orang Asia dan kesannya menyebabkan penentangan Belanda selepas kekalahan Jepun.

Kekalahan Jepun pada Ogos 1945 memberi peluang kepada Indonesia untuk merdeka. Sebaik sahaja pengumuman kemerdekaan Indonesia oleh Sukarno dan Mohammad Hatta, Dr Ratulangi dilantik menjadi gabenor di Sulawesi pada 19 Ogos. Pada bulan September, tentera bersekutu Belanda mendarat di Sulawesi akan tetapi tidak menerima tentangan seperti di Jawa. Ini kerana kekurangan teknik serangan gerila oleh penduduk Sulawesi. Kumpulan tentera bersekutu ini turut membawa pegawai Belanda bagi menggantikan Dr Ratulangi.

Kumpulan gerila kemudiannya ditubuhkan dibawah Dr Ratulangi. Serangan gerila ini kemudiannya berjaya dipatahkan Belanda dan pemimpin-pemimpinnya dipenjarakan di Jawa. Ini menyebabkan kumpula gerila di Sulawesi berpecah belah. Bagi golongan-golongan muda, mereka bersatu dengan gerakan gerila di Jawa. Antara mereka ialah Kahar Muzakkar dari Luwu', Andi' Mattalata dan Yusuf.

Pada 17 Ogos 1950, Republik Indonesia ditubuhkan selepas komuniti dunia mengiktiraf kemerdekaan Indonesia.